| Код по ОКПД2 |
Наименование |
Ед. изм. |
К-во |
Цена за ед. |
Сумма |
| 72.11.11.000 |
1-й этап Адаптация алгоритмов Системы для поиска неоантигенов в расширенных классах геномных и транскриптомных событий при пониженной мутационной нагрузке опухоли |
УСЛ ЕД |
1 |
14 911 082,33 |
14 911 082,33 |
| 72.11.11.000 |
1.2 Адаптация Системы для возможности запуска в тестовом режиме на Kubernetes |
УСЛ ЕД |
1 |
5 610 150,26 |
5 610 150,26 |
| 72.11.11.000 |
1-й этап Исследование существующих методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» |
УСЛ ЕД |
1 |
5 151 194,46 |
5 151 194,46 |
| 72.11.11.000 |
1-й этап Развертка и тестирование Систему на инфраструктуре Заказчика (по итогам 1 этапа) |
УСЛ ЕД |
1 |
495 747,07 |
495 747,07 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Исследования подходов к анализу репертуаров TCR / BCR, включая сборку полных VDJ-последовательностей TCR (α- и β-цепей) и BCR (тяжёлых и лёгких цепей), идентификацию CDR3-регионов, определение V/(D)/J-сегментов, оценку клональности (распределение по размерам клонов, индексы Шеннона, Симпсона, Gini), идентификацию экспансивных клонов; поиск совпадений CDR3-последовательностей с базами VDJdb, IEDB, McPAS-TCR. |
УСЛ ЕД |
1 |
9 993 392,64 |
9 993 392,64 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Разработка экспериментального образца Системы, включающий модуль предиктивной модели иммунного распознавания «пептид–MHC–TCR» на языке Nextflow |
УСЛ ЕД |
1 |
9 993 392,64 |
9 993 392,64 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Расширение области поиска неоантигенов и углубленная оптимизация модулей аннотации |
УСЛ ЕД |
1 |
1 998 678,53 |
1 998 678,53 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Проведение исследования подходов к анализу гетерогенности опухоли для нескольких регионов опухоли по данным секвенирования |
УСЛ ЕД |
1 |
1 998 678,53 |
1 998 678,53 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Исследование предсказания связывания и презентации антигенов через неклассические молекулы MHC класса Ib |
УСЛ ЕД |
1 |
4 793 926,69 |
4 793 926,69 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Исследование кросс-реактивности неоантигенов с референсным иммунопептидомом и нецелевого эффекта |
УСЛ ЕД |
1 |
2 998 017,79 |
2 998 017,79 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Доработка модуля формирования регистра пациентов, получающих лечение мРНК-вакцинами |
УСЛ ЕД |
1 |
1 899 576,11 |
1 899 576,11 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Доработка клинико-диагностического дашборда |
УСЛ ЕД |
1 |
7 646 192,63 |
7 646 192,63 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Расширение поиска неоантигенов в дополнительных классах геномных и транскриптомных событий |
УСЛ ЕД |
1 |
3 997 357,05 |
3 997 357,05 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Исследование подходов к формированию персонализированной ctDNA-панели для мониторинга минимальной остаточной болезни (MRD) |
УСЛ ЕД |
1 |
2 998 017,79 |
2 998 017,79 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Доработка Системы по результатам тестирования программного конвейера на симулированных и открытых данных, в том числе методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» |
УСЛ ЕД |
1 |
1 929 306,84 |
1 929 306,84 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Разработка и адаптация программных и биоинформатических алгоритмов Системы для работы с данными секвенирования длинных прочтений РНК/кДНК для поиска неоантигенов. |
УСЛ ЕД |
1 |
2 998 017,79 |
2 998 017,79 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Проведение углубленного исследования и разработка интегрированной мультимодальной модели взаимодействия «пептид – MHC – TCR» для высокоточной предсказательной оценки иммунного распознавания неоэпитопов Т-клеточными рецепторами. |
УСЛ ЕД |
1 |
2 998 017,79 |
2 998 017,79 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Проведение исследования подходов к расширению репертуара кандидатных неоантигенов за счет событий аденозин-в-инозинового редактирования РНК (A-в-I редактирования РНК) |
УСЛ ЕД |
1 |
999 339,26 |
999 339,26 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Проведение исследования подходов к учету метаболического состояния опухоли, ассоциированного с иммуносупрессией и нарушением презентации антигенов, при отборе и приоритизации неоантигенов |
УСЛ ЕД |
1 |
4 796 828,46 |
4 796 828,46 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Подготовка списка ранжированных неоантигенов и конкатемеры на экспериментальных данных Заказчика |
УСЛ ЕД |
1 |
1 485 923,87 |
1 485 923,87 |
| 72.11.11.000 |
2-й этап Развертка и тестирование Системы на инфраструктуре Заказчика (по итогам 2 этапа), включая доработку поддержки Kubernetes |
УСЛ ЕД |
1 |
500 472,89 |
500 472,89 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Расширение функционала Системы для работы с данными секвенирования длинных прочтений РНК/кДНК для поиска неоантигенов |
УСЛ ЕД |
1 |
9 993 392,64 |
9 993 392,64 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Разработка модуля идентификации третичных лимфоидных структур (TLS) |
УСЛ ЕД |
1 |
2 998 017,79 |
2 998 017,79 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Исследование модуля деконволюции с использованием данных секвенирования единичных клеток |
УСЛ ЕД |
1 |
1 998 678,52 |
1 998 678,52 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Проведение исследования подходов к мониторингу T-клеточного ответа |
УСЛ ЕД |
1 |
2 038 652,10 |
2 038 652,10 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Расширение функциональности регистра по учёту результатов других типов анализа, реализуемых на различных этапах данного Контракта |
УСЛ ЕД |
1 |
985 276,80 |
985 276,80 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Подготовка рекомендаций по дальнейшему развитию программного конвейера и финальная доработка ПО |
УСЛ ЕД |
1 |
2 006 374,95 |
2 006 374,95 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Исследование и развитие методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» |
УСЛ ЕД |
1 |
7 994 714,11 |
7 994 714,11 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Исследование подходов к предикции тяжёлых нежелательных явлений |
УСЛ ЕД |
1 |
4 996 696,32 |
4 996 696,32 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Исследование подходов к априорной оценке риска тяжёлых НЯ на уровне кандидатных эпитопов |
УСЛ ЕД |
1 |
4 197 224,91 |
4 197 224,91 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Доработка модуля многокритериальной фильтрации и приоритизации неоантигенов |
УСЛ ЕД |
1 |
5 938 278,78 |
5 938 278,78 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Получения списка ранжированных неоантигенов и конкатемеры на экспериментальных данных Заказчика |
УСЛ ЕД |
1 |
1 490 862,53 |
1 490 862,53 |
| 72.11.11.000 |
3-й этап Развертка и тестирование Системы на инфраструктуре Заказчика (по итогам 3 этапа) |
УСЛ ЕД |
1 |
501 852,36 |
501 852,36 |
| Итого |
135 333 333,23 |